Im Laufe der Zeit sammelt sich einiges an Müll in der SQLite-Datenbank von Mail an. Löscht man auf eigene Gefahr (vielleicht durch ein zusätzliche Sicherungskopie der Datei abgesichert) die Datei ~/Library/Mail/Envelope Index, wird der Index der Datenbank nach einem Neustart von Mail neu und sauber aufgebaut. Dies beschleunigt Mail gerade dann, wenn sich viele tausend E-Mails angesammelt haben. IMAP-Mailkonten werden schneller als POP3-Konten.
Eine andere Möglichkeit, die noch schneller optimieren soll, wird im Blog Hawk Wings diskutiert:
Mail beenden
Terminal starten
sqlite3 ~/Library/Mail/Envelope\ Index vacuum index
Nach kurzer Zeit erscheint der Prompt, und Mail kann geöffnet werden